Es difícil ayudarte o aconsejarte o pensar en soluciones sin ver la ventana fija que llevas y muy importante el donde está?? para entender sobre todo hasta que punto tienes pensada tu idea y si es factible.
No me suena de ver muchas ventanas fijas en autos antiguas, mayormente las que llevan algunas en las capuchinas delante.
Mis ventanas por ejemplo va lo que es la hoja con una bisagra tipo de libro o piano larga sujeta directamente al sandwich y luego claro encajan en la goma del marco de la ventana.
Creo que lo primero que deberías pensar es en si merece la pena y por supuesto que luego vaya a quedar estanca, porque si te va a traer humedades quizá optaría por buscar una ventana nueva o no hacer nada.
El marco de madera que tendrá te puede dar "cierto" margen para recortarlo y aprovecharlo para una ventana nueva, dándote así algo más de holgura con las medidas a la hora de buscar algo que encaje.
Intenta colar una foto y explicarnos eso de moldear el metracrilato etc, que es interesante eso de hacerse uno sus propias ventanas
Saludos